Getaran itu ternyata memiliki hubungan dengan Godzilla yang muncul kembali ke permukaan. Ia naik dari samudra hingga menimbulkan berbagai kerusakan di sekitarnya.
Kehadiran Godzilla tidak hanya menimbulkan kerusakan. Ia ternyata juga menyerap banyak energi nuklir yang dapat menghancurkan musuh dengan mudah.
Di sisi lain, Kong menemukan kawanan Kingkong lain di Hollow Earth, tetapi harus berhadapan dengan pemimpinnya, Skar King.
Pertarungan pun ternyata menghubungkan antara Kong, Skar King, dan Godzilla, sementara sejarah suku Iwi dan rahasia Hollow Earth terungkap di tengah konflik para raksasa tersebut.***