Cal kembali ke tahun 1942. Dia melihat Aguilar dan Maria istrinya akan menyelamatkan Ahmed, putra Sultan Muhammad XII, yang disandera agar ayahnya mau memberikan Apple.
Selama meneliti Aguilar, Cal menetap di organisasi itu. Dia merasakan halusinasi antara kehidupan Aguilar dan sang ayah berkat alat Animus.
Ayah Cal adalah seorang assasin yang membunuh ibu Cal dan ditangkap saat ia kecil. Aguilar juga seorang assasin di masa lalu. Namun, perbuatan ayahnya membuat Cal membenci assasin.
Lewat Animus, Cal melihat Aguilar dan Maria akan dieksekusi. Beruntung, mereka melarikan diri dengan kekuatan melompat atau “Lead” ke tempat lain. Kekuatan ini sempat membuat Cal lumpuh.
Di fasilitas organisasi, Cal bertemu Joseph ayahnya dan marah atas pembunuhan ibunya. Joseph menjelaskan kalau sang ibu sengaja meminta ia dibunuh demi melindungi Apple.
Joseph juga menjelaskan kalau kekuatan Aguilar akan pindah ke Cal akibat penggunaan Animus. Cal tidak percaya dan masih berniat menghancurkan assasin lewat Apple.
Sementara itu, proyek Animus akan ditutup oleh organisasi. Hal ini membuat Sofia, anak Alan CEO Abstergo Foundation curiga.
Cal kembali ke Animus. Ia melihat Maria bunuh diri agar Aguilar dapat kabur. Aguilar melompat dan menemui Christopher Columbus yang bersumpah membawa Apple itu hingga kuburannya kelak.
Di organisasi, Alan memerintahkan assasin yang ada dibunuh, termasuk Joseph dan rekan Cal. Di saat bersamaan, Cal menerima kekuatan assasin dari para leluhurnya. Cal kabur dari fasilitas bersama rekannya.