Markas Besar Kepolisian RI menetapkan Pollycarpus sebagai tersangka pembunuhan Munir pada 18 Maret 2005 dan dijatuhi hukuman penjara selama 14 tahun.
Pollycarpus mendekam di penjara hanya selama 8 tahun dan bebas bersyarat sejak 28 November 2014 berkat pembebasan bersyarat yang diberikan Menteri Hukum dan HAM, Yasonna H. Laoly.
Pada 17 Oktober 2020, Pollycarpus meninggal pukul 14.52 WIB setelah dirawat di RS Pertamina, Jakarta, selama 16 hari.
- Indra Setiawan
Indra Setiawan merupakan Direktur Utama PT Garuda Indonesia periode 2002-2005 yang terlibat dalam kasus pembunuhan Munir.
Saat ia menjabat sebagai dirut, Indra Setiawan menyetujui surat rekomendasi agar Pollycarpus ditempatkan di bagian keamanan Garuda sehingga pelaku bisa satu pesawat dengan Munir.
KontraS menyatakan, Indra Setiawan mengeluarkan surat sebagai respons setuju dari permintaan BIN agar Pollycarpus dapat bertugas dalam penerbangan GA 974.
Namun, laporan KontraS menyebutkan bahwa surat dari Indra Setiawan hilang pada 31 Desember 2004 saat kaca mobilnya dipecah orang ketika shalat Jumat.
Padahal, menurut KontraS, surat itu berada di dalam tas yang ada dalam mobil.
Indra Setiawan mendapatkan vonis penjara hanya selama satu tahun karena ikut membantu pembunuhan Munir melalui pemalsuan surat.
Selain itu, Otoritas Penerbangan Eropa sempat memberi sanksi larangan Garuda Indonesia terbang di Eropa.