Ia merupakan anak ketiga, sekaligus anak laki-laki pertama, dari enam bersaudara putra-putri pasangan Azkiar dan Ramlah.
Walaupun tinggal di keluarga berekonomi menengah ke bawah, orang tuanya selalu menekankan pentingnya pendidikan terhada keenam anak mereka.
Latar Belakang Pendidikan Prof. Azra
Prof. Azyumardi Azra menemuh pendidikan sarjana di Fakultas Tarbiyah, IAIN (sekarang UIN) Syarif Hidayatullah Jakarta pada 1982.
Sukses sebagai penerima beasiswa Fulbright, ia lulus bergelar Master of Art (MA) dari Departemen Bahasa dan Budaya Timur Tengah, Universitas Columbia, tahun 1988.
Setahun kemudian, ia kembali memenangkan beasiswa Columbia President Fellowship dari kampus yang sama dan melanjutkan studi S2 di Departemen Sejarah pada 1989.
Pada 1992, Prof. Azyumardi Azra memperoleh gelar Master of Philosophy (MPhil) dari Departemen Sejarah, Universitas Columbia.
Ia kemudian mendapatkan gelar Doctor of Philosophy berkat disertasi berjudul The Transmission of Islamic Reformism to Indonesia: Network of Middle Eastern and Malay-Indonesian ‘Ulama ini the Seventeenth and Eighteenth Centuries.
Tahun 2004, disertasi yang sudah direvisi tersebut terbit secara simultan di Canberra (Allen Unwin dan AAAS), Honolulu (Hawaii University Press), dan Leiden, Negeri Belanda (KITLV Press).